Nhiều trò chơi có số lượng kết thúc khác nhau đáng kinh ngạc. Mặc dù không có nhiều cái kết trong “Stalker 2: Heart of Chernobyl” nhưng vẫn có 4 cái kết khác nhau đang chờ người chơi mở khóa.
Người chơi sẽ phải đối mặt với nhiều lựa chọn quan trọng trong game, ảnh hưởng trực tiếp đến kết quả cuối cùng, chủ yếu tập trung vào ba nhiệm vụ chính: Những điều tinh tế, Những mối liên lạc nguy hiểm và Điều ước cuối cùng. May mắn thay, các nhiệm vụ này được đặt ở phần sau của trò chơi và người chơi có thể chuyển sang nhiệm vụ "Huyền thoại khu vực" rồi lưu thủ công để trải nghiệm tất cả các kết thúc mà không cần phải chơi lại toàn bộ trò chơi.
Dưới đây là ba nhiệm vụ chính, cùng với các lựa chọn đối thoại chính trong mỗi nhiệm vụ có ảnh hưởng đến phần kết: Điều tinh tế, Người liên lạc nguy hiểm và Điều ước cuối cùng.
Hãy chọn ủng hộ Strelock và trở thành kẻ thù của tất cả các phe phái khác để đạt được cái kết này. Điều này bao gồm việc từ chối Skaar, trốn thoát khỏi Korshunov và bắn Kemanov. Strylock là một nhân vật trong trò chơi trước và hiểu được cốt truyện của anh ta sẽ giúp bạn hiểu được cái kết này.
Đoạn kết này cũng giống như hai lựa chọn đầu tiên của đoạn kết trước nhưng người chơi cần phải bỏ súng xuống và hợp sức với Kaimanov trong nhiệm vụ "Điều ước cuối cùng". Kaimanov là một nhà khoa học mong muốn quan sát sự phát triển của khu vực mà không có sự kiểm soát của bất kỳ ai, tin rằng khu vực này có quyền thoát khỏi sự kiểm soát của bất kỳ ai.
Một phe phái hùng mạnh khác trong STALKER 2 là Spark, dẫn đầu bởi Skarr, nhân vật chính của STALKER: Clear Sky trước đó. Việc giúp đỡ Skarr sẽ dẫn anh ta đến một nơi mà anh ta tin rằng sẽ dẫn đến Shining Zone. Trong khi một số phần kết yêu cầu sự lựa chọn trong cả ba nhiệm vụ chính thì phần kết của Sparks chỉ yêu cầu người chơi lựa chọn hai trong số các nhiệm vụ.
Có rất nhiều phe phái trong STALKER 2: Heart of Chernobyl, một trong số đó là Vệ binh. Việc đưa ra những lựa chọn này sẽ cho phép người chơi sát cánh cùng Đại tá Krushunov trong một chiến dịch nhằm phá hủy hoàn toàn khu vực. Giống như phần kết của Sparks, chỉ có hai lựa chọn nhiệm vụ trong phần kết này ảnh hưởng đến kết quả cuối cùng.