Birçok oyunun şaşırtıcı sayıda farklı sonu vardır. "Stalker 2: Heart of Chernobyl"de çok fazla son olmasa da oyuncuların kilidini açmasını bekleyen dört farklı son var.
Oyuncular oyunda, nihai sonucu doğrudan etkileyen birçok önemli seçimle karşı karşıya kalacak ve esas olarak üç temel göreve odaklanacak: İnce Şeyler, Tehlikeli İlişkiler ve Son Dilek. Neyse ki, bu görevler oyunun ilerleyen kısımlarında bulunuyor ve oyuncular "Bölge Efsanesi" görevine ilerleyebilir ve ardından oyunun tamamını tekrar oynamak zorunda kalmadan tüm sonları deneyimlemek için manuel olarak kayıt yapabilirler.
Aşağıda üç temel görev ve her görevde sonu etkileyen temel diyalog seçimleri listelenmiştir: İnce Bir Şey, Tehlikeli Bir Bağlantı ve Son Dilek.
Bu sona ulaşmak için Strelock'u desteklemeyi ve diğer tüm grupların düşmanı olmayı seçin. Buna Skaar'ı reddetmek, Korshunov'dan kaçmak ve Kemanov'u vurmak da dahildi. Strylock önceki oyunda yer alan bir karakterdir ve onun arka planını anlamak, bu sonu anlamanıza yardımcı olacaktır.
Bu son, önceki sonun ilk iki seçeneğiyle aynı, ancak oyuncuların "Son Dilek" görevinde silahlarını bırakmaları ve Kaimanov ile takım kurmaları gerekiyor. Kaimanov, bölgenin kimsenin kontrolünden bağımsız olma hakkına sahip olduğuna inanan, bölgenin gelişimini kimsenin kontrolü olmadan gözlemlemek isteyen bir bilim adamıdır.
STALKER 2'deki bir diğer güçlü grup ise önceki STALKER: Clear Sky'ın kahramanı Skarr'ın liderliğindeki Spark'tır. Skarr'a yardım etmek onu Parlayan Bölge'ye gittiğine inandığı bir bölmeye götürecektir. Bazı sonlar üç temel görevin tamamında seçim yapmayı gerektirirken Sparks'ın sonu, oyuncunun yalnızca iki görevde seçim yapmasını gerektirir.
STALKER 2: Heart of Chernobyl'de pek çok grup var, bunlardan biri de Muhafızlar. Bu seçimleri yapmak, oyuncunun bölgeyi tamamen yok etme operasyonunda Albay Krushunov'un yanında yer almasına olanak tanıyacaktır. Sparks'ın sona ermesinde olduğu gibi, bu sonda da yalnızca iki görev seçimi nihai sonucu etkiliyor.