Maraming laro ang may nakakagulat na bilang ng iba't ibang pagtatapos. Bagama't walang maraming mga pagtatapos sa "Stalker 2: Heart of Chernobyl", mayroon pa ring apat na magkakaibang mga pagtatapos na naghihintay para sa mga manlalaro na ma-unlock.
Ang mga manlalaro ay haharap sa maraming mahahalagang pagpipilian sa laro, na direktang makakaapekto sa panghuling resulta, higit sa lahat ay tumutuon sa tatlong pangunahing gawain: Mga Subtle Things, Dangerous Liaisons at Last Wish. Sa kabutihang palad, ang mga misyon na ito ay matatagpuan sa ibang pagkakataon sa laro, at ang mga manlalaro ay maaaring sumulong sa "Zone Legend" na misyon at pagkatapos ay manu-manong mag-save upang maranasan ang lahat ng mga pagtatapos nang hindi kinakailangang i-replay ang buong laro.
Nakalista sa ibaba ang tatlong pangunahing misyon, kasama ang mga pangunahing pagpipilian sa pag-uusap sa bawat misyon na makakaapekto sa pagtatapos: A Subtle Thing, A Dangerous Liaison, at a Last Wish.
Piliin na suportahan ang Strelock at maging mga kaaway ng lahat ng iba pang paksyon upang makamit ang pagtatapos na ito. Kabilang dito ang pagtanggi kay Skaar, pagtakas kay Korshunov, at pagbaril kay Kemanov. Ang Strylock ay isang karakter sa nakaraang laro, at ang pag-unawa sa kanyang backstory ay makakatulong sa iyo na maunawaan ang pagtatapos na ito.
Ang pagtatapos na ito ay kapareho ng unang dalawang pagpipilian ng nakaraang pagtatapos, ngunit kailangang ibaba ng mga manlalaro ang baril at makipagtulungan kay Kaimanov sa "Last Wish" na misyon. Si Kaimanov ay isang siyentipiko na gustong obserbahan ang pag-unlad ng rehiyon nang walang kontrol ng sinuman, na naniniwalang ang rehiyon ay may karapatang maging malaya mula sa kontrol ng sinuman.
Ang isa pang makapangyarihang paksyon sa STALKER 2 ay ang Spark, na pinamumunuan ni Skarr, ang bida ng nakaraang STALKER: Clear Sky. Ang pagtulong kay Skarr ay magdadala sa kanya sa isang pod na pinaniniwalaan niyang hahantong sa Shining Zone. Habang ang ilang mga pagtatapos ay nangangailangan ng mga pagpipilian sa lahat ng tatlong pangunahing misyon, ang pagtatapos ng Sparks ay nangangailangan lamang ng manlalaro na pumili sa dalawa sa mga misyon.
Maraming faction sa STALKER 2: Heart of Chernobyl, isa na rito ang mga Guards. Ang paggawa ng mga pagpipiliang ito ay magbibigay-daan sa manlalaro na pumanig kay Colonel Krushunov sa isang operasyon upang ganap na sirain ang lugar. Tulad ng pagtatapos ng Sparks, dalawang pagpipilian lamang sa misyon sa pagtatapos na ito ang makakaapekto sa huling resulta.