कई खेलों में आश्चर्यजनक संख्या में अलग-अलग अंत होते हैं। हालाँकि "स्टॉकर 2: हार्ट ऑफ़ चेरनोबिल" में बहुत अधिक अंत नहीं हैं, फिर भी चार अलग-अलग अंत हैं जो खिलाड़ियों के अनलॉक होने की प्रतीक्षा कर रहे हैं।
खिलाड़ियों को खेल में कई महत्वपूर्ण विकल्पों का सामना करना पड़ेगा, जो सीधे अंतिम परिणाम को प्रभावित करते हैं, मुख्य रूप से तीन प्रमुख कार्यों पर ध्यान केंद्रित करते हैं: सूक्ष्म चीजें, खतरनाक संपर्क और अंतिम इच्छा। सौभाग्य से, ये मिशन गेम में बाद में स्थित हैं, और खिलाड़ी "ज़ोन लीजेंड" मिशन के लिए आगे बढ़ सकते हैं और फिर पूरे गेम को दोबारा खेले बिना सभी अंत का अनुभव करने के लिए मैन्युअल रूप से सेव कर सकते हैं।
प्रत्येक मिशन में प्रमुख संवाद विकल्पों के साथ तीन प्रमुख मिशन नीचे सूचीबद्ध हैं जो अंत को प्रभावित करते हैं: एक सूक्ष्म बात, एक खतरनाक संपर्क और एक आखिरी इच्छा।
इस अंत को प्राप्त करने के लिए स्ट्रेलॉक का समर्थन करना और अन्य सभी गुटों के दुश्मन बनना चुनें। इसमें स्कार को अस्वीकार करना, कोर्शुनोव से बचना और केमनोव को गोली मारना शामिल था। स्ट्राइलॉक पिछले गेम का एक पात्र है, और उसकी पिछली कहानी को समझने से आपको इस अंत को समझने में मदद मिलेगी।
यह अंत पिछले अंत के पहले दो विकल्पों के समान है, लेकिन खिलाड़ियों को बंदूक नीचे रखनी होगी और "लास्ट विश" मिशन में कैमानोव के साथ टीम बनानी होगी। कैमानोव एक वैज्ञानिक हैं जो किसी के नियंत्रण के बिना क्षेत्र के विकास का निरीक्षण करना चाहते हैं, उनका मानना है कि इस क्षेत्र को किसी के नियंत्रण से मुक्त होने का अधिकार है।
स्टॉकर 2 में एक और शक्तिशाली गुट स्पार्क है, जिसका नेतृत्व पिछले स्टॉकर: क्लियर स्काई के नायक स्केर ने किया है। स्केर की मदद करने से वह एक ऐसे पॉड तक पहुंच जाएगा जिसके बारे में उसका मानना है कि यह शाइनिंग जोन की ओर ले जाता है। जबकि कुछ अंत में सभी तीन प्रमुख मिशनों में विकल्पों की आवश्यकता होती है, स्पार्क्स अंत में खिलाड़ी को केवल दो मिशनों में विकल्प चुनने की आवश्यकता होती है।
स्टॉकर 2: हार्ट ऑफ़ चेरनोबिल में कई गुट हैं, जिनमें से एक गार्ड है। इन विकल्पों को चुनने से खिलाड़ी को क्षेत्र को पूरी तरह से नष्ट करने के ऑपरेशन में कर्नल क्रुशुनोव का साथ देने की अनुमति मिल जाएगी। स्पार्क्स के अंत की तरह, इस अंत में केवल दो मिशन विकल्प अंतिम परिणाम को प्रभावित करते हैं।