Veel games hebben een verrassend aantal verschillende eindes. Hoewel er niet veel eindes zijn in "Stalker 2: Heart of Chernobyl", wachten er nog steeds vier verschillende eindes op spelers om te ontgrendelen.
Spelers worden in het spel geconfronteerd met veel belangrijke keuzes, die rechtstreeks van invloed zijn op het uiteindelijke resultaat, waarbij de nadruk vooral ligt op drie sleuteltaken: subtiele dingen, gevaarlijke verbindingen en laatste wens. Gelukkig bevinden deze missies zich later in het spel en kunnen spelers doorgaan naar de missie "Zone Legend" en vervolgens handmatig opslaan om alle eindes te ervaren zonder het hele spel opnieuw te hoeven spelen.
Hieronder staan de drie belangrijkste missies, samen met de belangrijkste dialoogkeuzes in elke missie die van invloed zijn op het einde: A Subtle Thing, a Dangerous Liaison en a Last Wish.
Kies ervoor om Strelock te steunen en word vijanden van alle andere facties om dit einde te bereiken. Dit omvatte onder meer het afwijzen van Skaar, het ontsnappen aan Korshunov en het neerschieten van Kemanov. Strylock is een personage uit de vorige game, en als je zijn achtergrondverhaal begrijpt, kun je dit einde beter begrijpen.
Dit einde is hetzelfde als de eerste twee keuzes van het vorige einde, maar spelers moeten het wapen neerleggen en samenwerken met Kaimanov in de missie "Last Wish". Kaimanov is een wetenschapper die de ontwikkeling van de regio wil observeren zonder dat iemand er controle over heeft, in de overtuiging dat de regio het recht heeft om vrij te zijn van iemands controle.
Een andere krachtige factie in STALKER 2 is de Spark, geleid door Skarr, de hoofdpersoon van de vorige STALKER: Clear Sky. Door Skarr te helpen, wordt hij naar een capsule geleid waarvan hij denkt dat deze naar de Shining Zone leidt. Hoewel sommige eindes keuzes vereisen in alle drie de belangrijkste missies, vereist het Sparks-einde alleen dat de speler een keuze maakt in twee van de missies.
Er zijn veel facties in STALKER 2: Heart of Chernobyl, waaronder de Guards. Door deze keuzes te maken, kan de speler de kant van kolonel Krushunov kiezen in een operatie om het gebied volledig te vernietigen. Net als bij het einde van Sparks, hebben slechts twee missiekeuzes in dit einde invloed op het uiteindelijke resultaat.